Kipu on epämiellyttävä kokemus ja sen alkuun usein liittyy jokin kudosvaurio. Kivun tehtävä on varoittaa, se on vaaran merkki ja siihen liittyy myös huolireaktio. Kudosvaurio paranee yleensä tietyssä aikataulussa, mutta joskus kivun vaaraviesti jää päälle keskushermostoon eli selkäytimeen ja aivoihin. Tällöin kipu pitkittyy. Pitkittyneestä kivusta puhutaan yleensä, kun kipu on kestänyt yli kolme kuukautta. Pitkittyneessä kivussa alkuperäinen syy ja kudosvaurio on yleensä parantunut, mutta kipua ylläpitää keskushermostossa tapahtuneet muutokset. 

Kipua välittävään hermostoon kuuluvat kehoamme hermottavat tuntohermot, kehosta selkäytimen kautta aivoihin kipuviestiä vievät ns. nousevat hermoradat ja kipuviestiä heikentävät ns. laskevat hermoradat. Kipuviestit kulkevat aivoihin tunteita säätelevien ja muistoja hallinnoivien aivoalueiden läpi ja siksi aikaisemmilla kipukokemuksilla ja muistoilla on iso merkitys kivun pitkittymiseen. Pitkittyneessä kivussa häiriöitä voi tulla mihin tahansa kipua välittävän hermojärjestelmän osaan eikä se enää pysty säätämään itseään perustilaan, vaan jää vikatilaan. Vaikka pitkittynyt kipu tekeekin aivoihin muutoksia, ne ovat yleensä korjaantuvia esim. kuntoutuksen avulla. 

Pitkittyneessä kivussa aivot ovat jatkuvasti ylivirittyneet, aivoissa on jatkuva “palohälytys” päällä. Kipuun liittyy usein uniongelmia, stressiä, ahdistusta, pelko-välttämiskäyttäytymistä, kielteisiä tunteita, toivottomuutta. Ahdistus ja masennus ovat tavallisia pitkäaikaista kipua potevilla, tällöin hermosto voi olla alivirittyneessä tilassa. Nämä kaikki lisäävät kivun kokemuksen merkitystä ja yleensä pahentavat kipua. 

Kivun kuntoutuksen tavoite aina kohti jotain – toimintakyvyn lisääntymistä, parempaa unta, liikkumisen helppoutta jne. Kipukuntoutuksen tavoite tai paras mittari ei yleensä ole täysi kivuttomuus vaan elämänlaadun ja toimintakyvyn parantuminen. Usein kuitenkin kipumekanismien ymmärtäminen ja toimintakyvyn parantuminen pitkällä aikajänteellä voivat myös vähentää kipua. Tällöin keskushermoston yli-/alivirittyneisyys on palautunut normaaliin ja tasapainoiseen vireystilaan. 

Kipukuntoutus on parhaimmillaan moniammatillista yhteistyötä; lääkärin, sairaanhoitajan, psykologin, fysioterapeutin, toimintaterapeutin ja sosiaalityöntekijän osaamisen yhdistämistä. Kipukuntoutukseen kuuluu kipuedukaatio, jonka tavoitteena on lisätä ihmisen ymmärrystä kivun moniulotteisuudesta ja siitä, miten siihen voi vaikuttaa. Asteittaista altistamista vältetyille asioille tarvitaan, jotta löydetään uusia ja kivuttomampia toimintamalleja ja mahdollistetaan toimintakyvyn parantuminen. Kuntoutukseen kuuluvat harjoitteet valitaan yksilöllisesti kuntoutujan tilanne huomioiden. Harjoitteet voivat olla esimerkiksi fyysisen kunnon paranemiseen tähtääviä tai vireysikkunaan vaikuttamista esimerkiksi erilaisilla hengitysharjoituksilla tai liikeharjoituksilla. Erilaisia manuaalisia tekniikoita käytetään myös hermoston rauhoittamisessa ja kivun lievityksessä. Unenlaatua pyritään parantamaan ja sitä kautta parantamaan arjessa jaksamista. Usein myös lääkehoito on tarpeen olla mukana pitkittyneen kivun hoidossa.